Электронную подпись, которую вы получили в налоговой, СБИС зарегистрирует сам. Просто вставьте токен с ЭП в компьютер, больше ничего делать не нужно. Сдавайте отчеты и подписывайте документы — система распознает ключ.
В этом случае СБИС будет использовать его, а новый, полученный от ФНС, не увидит. Зарегистрируйте подпись вручную по инструкции. 