Продавать маркированные товары можно не только в своем магазине, но и через интернет, например, на маркетплейсах (Яндекс.маркет, Ozon и др.). В этом случае возникает вопрос, как отчитываться в Честный знак? Это зависит от типа продажи.
Вы как обычно создаете документ реализации и наполняете его товарами с кодами маркировки.
Выбираете тип договора: «Комиссионная» или «Агентская схема».
Отправляете документ покупателю по ЭДО, а коды напрямую в Честный знак.
При продаже комиссионер добавляет продукцию и код маркировки в чек — товар выбывает из оборота.

Если интернет-магазин работает по оферте, то коды необходимо вывести из оборота, когда товар уже продан конечному покупателю.
Создайте реализацию с типом договора «Продажа по образцам, дистанционная торговля» и наполните ее товарами с кодами маркировки.
Выберите, что покупатель не зарегистрирован в ГИС МТ.
Укажите, как именно были проданы товары: по накладной, УПД, с помощью кассового или товарного чека.
Когда факт продажи будет зарегистрирован в Честном знаке, товар спишется с ваших остатков.

Подробнее: