Налоговая списывает имущественные налоги по сроку с единого налогового счета. У ИП ЕНС один: для личных и предпринимательских налогов. Из-за этого могут возникнуть сложности. Сальдо формируется с учетом недоимки и переплаты, образовавшихся как и у ИП, так и у физлица.
ФНС формирует сводное налоговое уведомление по имущественным налогам и резервирует имеющуюся сумму на ЕНС для уплаты.
Если до 1 декабря появится недоимка по иным налогам и денег на ЕНС будет недостаточно, резерв будет отменен, и сумма резерва погасит долги с более ранним сроком. Т.е. если вы уже в октябре оплатили личные налоги, но по сроку не заплатили аванс УСН, сумма будет использована на погашение долга по авансу.
В СБИС движение по ЕНС формируется по данным учета. Чтобы сальдо не отличалось от данных в личном кабинете ИП на сайте ФНС, продублируйте их в системе.
В разделе «Учет/Операции» создайте «Уплата ЕНП с личной карты ИП». Укажите сумму и проведите операцию в учете.

Создайте в том же разделе «Начисление прочих налогов, пеней и штрафов на ЕНС». Укажите налог, срок уплаты, период и сумму.
Также выберите счет затрат в зависимости от использования имущества:
не используется в предпринимательской деятельности — выберите счет 91-02 и статью расхода «Прочие расходы за счет прибыли»;
используется в предпринимательской деятельности, но в СБИС не проводятся расчеты налогов — счет затрат (20, 26, 44 и др.) и нужную статью расходов, например «Земельный налог».

Подробнее — в базе знаний.