Город Байконур является административно-территориальной единицей Республики Казахстан, функционирующей в условиях аренды. Это социально-культурный и административный центр комплекса Байконур , существующая инфраструктура которого обеспечивает выполнение поставленных Российской Федерацией задач по развитию космической отрасли. На период аренды комплекса Байконур город Байконур в отношениях с Российской Федерацией наделяется статусом, соответствующим городу федерального значения Российской Федерации, с особым режимом безопасного функционирования объектов, предприятий и организаций, а также проживания граждан. Городская администрация орган исполнительной власти, действующий под непосредственным руководством Главы городской администрации. В полномочиях администрации города Байконур: организация охраны общественного порядка и зашиты прав граждан; городские вопросы образования, воспитания, науки, культуры, физической культуры и спорта; городские транспорт и связь, городские радио, телевидение, печать и информация; координация деятельности предприятий и учреждений,находящихся на территории города; координация социальной защиты и поддержки населения, включая социальное обеспечение; организация строительства и ремонта жилья, объектов социальной инфраструктуры, автомобильных дорог; организация электро-, тепло-, газо- и водоснабжения, водоотведения комплекса Байконур , контроль за использованием земель и других природных ресурсов на территории города; координация вопросов здравоохранения; координация труда и занятости населения; организация и проведение выборов различного уровня для граждан Российской Федерации и Республики Казахстан.